Akmeninė Upninkų bažnyčia, skirtingai nei įprasta maldos namams, stovi ne pačiame Upninkų gyvenvietės centre, o kiek atokiau nuo jos – prie pat Šventosios upės. XIX a. Upninkus ypatingai siaubė gaisrai. Sudegė ne tik bažnyčia, bet ir visi kiti kaimo gyvenamieji ir ūkiniai pastatai. Po didžiojo gaisro išliko vienintelis pastatas – akmeninis grūdų sandėlis, kurį dvarininkas padovanojęs bažnyčios reikmėms. Gyventojai nebenorėję kurtis gaisravietėje, išsikraustė toliau nuo buvusio centro, o klasicistinės stilistikos bažnyčia, įrengta senajame sandėlyje, liko Šventosios upės slėnyje.