Dabartinė Jonavos bažnyčia iškilo 1791 m., o 1793 m. fundatoriaus vyskupo Juozapo Kazimiero Kosakovskio konsekruota Šv. apaštalo Jokūbo vardu. Ankstyvajam klasicizmo laikotarpiui priskiriama bažnyčia ilgą laiką neišsiskyrė Jonavos panoramoje. Pagrindine miestelio dominante ji tapo tik nuo XX a. IV-ojo dešimtmečio vidurio, kuomet šventovei buvo pristatyti du bokštai.

Iš pradžių stačiakampės, trinavės, halinės bažnyčios fasadus ritmiškai skaidė piliastrai ir tarp jų aukštai iškelti langai; pagrindiniame fasade buvo arkinės nišos, o viršuje trikampis frontonas; abipus stačiakampės presbiterijos stovėjo vienaaukštės zakristijos. Jonavos bažnyčios projekto autorystė nėra aiški. Profesorius E. Budreika nurodo, kad šios bažnyčios projekto autorius – Laurynas Gucevičius, nors kitų tyrinėtojų nuomone, pastato proporcijos ir ankstyvojo klasicizmo formos nėra būdingos šio architekto kūrybai.

Apie tarpukario projektus esama tikslių duomenų. Iniciatyvos ėmėsi Jonavos klebonas kun. Petras Vaitiekūnas, o „projektą sudarė garsusis mūsų Kauno inž. Reisonas" – skelbė to meto spauda. Nauju archtektūriniu elementu pagrindiniame fasade tapo modernizuotos eklektikos formų frontonas: vietoj trikampio frontono pristatytas stilizuotas, laiptuoto kontūro skydas su trikampe viršūne. Abipus frontono iškilo dviejų tarpsnių bokštai, dengti gaubtais šalmais.

Maždaug tuo pat metu buvo nugriauta ir bažnyčios mūrinė varpinė. Buvo pastatyti šventoriaus vartai, kuriuose pakartota fasado kompozicija. 1936 m. atnaujintas bažnyčios interjeras, pagal K. Reisono projektą padidinta choro patalpa.

Bažnyčios  rūsyje esančioje kriptoje ilsisi didikų Kosakovskių palaikai: miesto įkūrėjos Marijonos Zabielaitės – Kosakovskienės, Napoleono adjutanto, prancūzų armijos generolo Juozapo Antano Kosakovskio, vyskupo, bažnyčios fundatoriaus Juozapo Kazimiero Kosakovskio, paskutiniojo Abiejų Tautų Respublikos etmono Simono Kosakovskio palaikai.