Pirmą medinę bažnyčią Bukonyse pastatė vietos dvarininkas Juozapas Hoppenas apie 1787 metus.  Mūrinė bažnyčia pastatyta 1829 m.  Bažnyčia - tinkuoto mūro,  klasicistinė, stačiakampio plano, vienabokštė.  Šventoriaus tvora iš akmenų mūro. XX amžiaus pradžioje, 1916–1917 m., bažnyčia buvo atnaujinta. Bukonių bažnyčios planą 1913 m. buvo parengęs žymus Lietuvos bažnyčių statytojas, inžinierius architektas Vaclovas Michnevičius.

Priešais šią bažnyčią yra mūriniai tinkuoti šventoriaus vartai su arkine anga ir frontonu su niša skluptūrai. Vartuose yra išlikę XIX a. du ornamentuoti geležiniai kryžiai.

Bažnyčios šventoriuje iš žemių buvo iškeltas didžiulis akmuo, kuris žymėjo bažnyčios įkūrėjo, dvarininko Juozapo Hoppeno kapą.